無論是原設計建造屋頂防水花園，或是在已建房屋的可上人屋面頂上增建屋頂防水花園，在建造過程中和建成後的日常使用中，均宜破壞屋頂防水的防水和排水系統，造成屋頂防水漏水。原因如下：
1.1 原屋頂防水防水層存在缺陷 壁癌 防水
結構層和防水層即使保持原有做法，但一般還要在預製空心板上卷材防水層，因此仍不可避免在女兒牆和天溝沿口等薄弱環節處出現滲漏。特別是剛性防水屋面，最嚴重的問題是防水層在施工完成後可能會出現裂縫而漏水。產生裂縫的原因很多：氣候變化及太陽照射引起的屋面熱脹冷縮；屋面板受力後的翹曲變形；地基沉降或牆體承重後坐漿收縮等原因引起的屋面變動；屋面板除變或材料乾縮變形等。
1.2 建造屋頂防水花園時破壞了原防水層 壁癌 防水
屋頂防水上建造屋頂防水花園尚且可能漏水，而在較容易出現漏水的屋頂防水防水層上進行多項園林工程施工，這就更容易造成屋頂防水防水層破壞而導致漏水。即使不打洞穿孔或埋設固定鐵件，如不精心施工，仍會破壞屋頂防水防水和排水構造，造成屋頂防水漏水。進行載植有時也會破壞防水層，比如填土時用的鏟子有可能會破壞防水層。
1.3 屋頂防水花園水源更多 防水 防漏 壁癌 漏水 抓漏 屋頂防水 防水工程
各種植物的澆灌用水、水池、噴泉等水體用水也極為頻繁，使屋頂防水又增加了產生漏水的水源。一般建築物屋頂防水的排水系統，均未考慮建造屋頂防水花園所需的種植物滲漏水和水體工程的排水問題，特別是澆灌水和水池午污水中含有植物根葉和泥沙等雜務，會使排水口及管道堵塞，造成屋頂防水積水和漏水。
不論是何種因素造成漏水，人們往往歸罪於屋頂防水花園，這就為屋頂防水花園的推廣造成了社會阻力。因此規劃設計和施工單位以及使用單位均應有足夠的認識。 ，共同處理好屋頂防水花園的防水問題。