如果氣管塌陷有呼吸困難和嚴重咳喇，是必須要住院的。減少壓力和供給氧氣。必要時甚至要給予鎮靜或類固醇。

如果沒有住院的動物，必須基於檢查的結果來議定治療方法。抗生素的給予，減少微生物對氣管的刺激，支氣管的擴張劑可以幫助呼吸的效果。使用吸入性的藥物比較好，相對口服藥有較少的副作用，但使用於動物身上仍然有一定難度。

另外，溫度與濕度的注意，體型更要注重。如果內科的控制效果不好，就要考慮外科手術治療氣管塌陷。如人工氣管環的裝置，可以明顯減少臨床症狀，但併發症包括喉頭麻痺。如果是胸腔內塌陷就必須裝置氣管支架，併發症包括支架移位、嚴重發炎和支架破裂。