雙輪制季后賽一直持續到了1994年，MLB的勞資雙方因為就工資問題無法達成共識，而發生了球員大罷工事件。罷工事件使得1994年和1995年的球季縮短，1994年的季后賽也因罷工而取消。此次事件使得MLB觀眾量大減，MLB不得不做出對策。 1995年，MLB的賽制再度做出重大改變，每個聯盟分為三個分區：東區、中央區、西區；各個分區的冠軍可獲得季后賽資格，而各聯盟內未獲得季后賽資格的球隊中，各取戰績最好的一支球隊為"外卡"（Wild Card），也獲得季后賽資格。
如今MLB共有球隊30支，其中美國聯盟14支（東區5支、中央區5支、西區4支），國家聯盟16支（東區5支、中央區6支、西區5支）。沒有平均分配是因為兩個聯盟的球隊平時並不互相交戰，只有在每年五、六月期間舉行的"跨聯盟"比賽中偶爾對決。跨聯盟比賽是1997年MLB為了增加觀眾人數所引入的賽制，由於有很多分屬兩個聯盟，但同屬同一城市或州郡的兩支球隊在過去常規賽中無法碰面，如紐約的洋基（美聯）和大都會（國聯）、芝加哥的白襪（美聯）和小熊（國聯）等等，這個新賽制的重要組成，就是讓這些同城兄弟鬩牆一番，增加上座率，這個舉措也一直受到球迷的歡迎。
與其他職業聯盟相同，MLB也有一年一度的明星賽（All-Star Game）由國家聯盟明星隊對抗美國聯盟明星隊，主場則每年在兩個聯盟的球隊主場間替換（即不會連續兩年在同一個聯盟的球隊主場舉行），時間則是每年的7月中旬。MLB與大家熟知的NBA明星賽不同，每個球隊都至少有一個球員參加明星賽。 2002年，兩支球隊7：7平手一直鏖戰到11局，竟然以平手收場。比較熟悉MLB的人都知道，"平手"這種比賽結果是不存在的，此次明星賽的結果自然讓廣大球迷極端不爽，也開始傳出了球員在明星賽根本不盡力打球的說法。為了挽回球迷的心，並增加明星賽的對抗激烈程度，MLB自2003年起正式將明星賽賦予一個正式"任務"：明星賽的勝利一方，將獲得該年度世界大賽的主場優勢，此規則也打破了一直以來美聯和國聯MLB"輪流"享有世界大賽主場優勢的輪值，而MLB明星賽也確實變得更加緊張刺激。